Beskid Niski należy do Karpat Zewnętrznych, które zbudowane są z naprzemianległych ławic piaskowców i łupków ilastych, marglistych lub mułowców oraz w mniejszych ilościach-zlepieńców i wapieni. Podobnie jak reszta Beskidów, ma budowę fliszową - należy do typu gór fałdowych systemu alpejskiego powstałych w górnej jurze, kredzie i starszym trzeciorzędzie. Beskid Niski powstał przez sfałdowanie i późniejsze wyniesienie skał osadowych, które zostały wytworzone przez istniejące tu niegdyś płytkie morze, będące częścią oceanu Tetydy. Osady fliszowe w czasie fałdowania zostały odkłute od swego podłoża i ujęte w szereg płaszczowin nasuniętych na platformę paleozoiczną. Wielkość nasunięcia płaszczowiny na swe przedpole wynosi 20-40 km. Ruchy górotwórcze powodujące nasunięcie na siebie warstw utworzyły tu kilka jednostek tektonicznych i tak np. piaskowce magurskie utworzone z odpornych na wietrzenie ziaren kwarcu z domieszką łupków krystalicznych są materiałem, z którego zbudowane jest Pasmo Magurskie.
W środkowej i południowo-wschodniej części Beskidu Niskiego znajduje się jednostka dukielska z wyspami okien tektonicznych (tzw. jednostka porwakowa). Północne obrzeża należą do centralnej depresji karpackiej. Charakterystyczne dla Beskidu Niskiego są także osuwiska. Przyczyną ich powstawania są łupki, które po nasiąknięciu wodą nabierają właściwości smarnych i zbudowane z nich zbocza zaczynają się osuwać. W Beskidzie Niskim znajduje się kilkanaście osuwisk, z których najpotężniejsze jest na Maślanej Górze koło Szymbarku. Inne występują na Rosochatce (753 m n.p.m.), Zielonej Górze (702 m n.p.m.), w pobliżu Bystrej, na Magdalence koło Gorlic, Na Bartniej Górze (630 m n.p.m.), na stokach Magury Małastowskiej w Owczarach, kilka osuwisk odnaleźć można w paśmie Magury Wątkowskiej -koło Wapiennego, pod Ferdlem (648 m n.p.m.), na Kornutach (830 m n.p.m.) i Maguryczu (788 m n.p.m.) oraz Chryszczatej (997 m n.p.m.).
Osuwiskom często towarzyszą tzw. jaskinie szczelinowe.
Najbardziej znane w Beskidzie Niskim jaskinie znajdują się na Cergowej koło Dukli. Cztery z nich związane są z dużym osuwiskiem stoku:
- Jaskinia "Gdzie samolot spadł" dł. 15 m, położona na wys. 680 m n.p.m., nieco na wschód od szczytu, na południowym stoku góry. Do jej odkrycia przyczynił się hitlerowski "Dornie", który uległ tu katastrofie.
- Jaskinia "Na Kopaninie" dł. 14 m znajduje się na wys. 500 m n.p.m. na grzbiecie ramienia schodzącego ku Nowej Wsi, obok dużych rowów osuwiskowych w bukowym lesie.
- Jaskinia "Na Wierzchowinie" dł. 20 m. leży w pobliżu poprzedniej.
- Jaskinia "Pod lasem" dł. 8 m położona jest na wys. 480 m n.p.m. w odległości kilkuset metrów od obydwu grot na wierzchowinie, na stromym zachodnim stoku.
Ponadto są tutaj dwie jaskinie szczelinowe: "Koło borsuczych dziur" dł. 12 m oraz "Przy szkółce".
Stosunkowo niedawno odkryto jaskinie w pobliżu Cergowej-na stoku Kilanowskiej. Jest to największe, bo liczące 54 jaskiń i stanowisk podskalnych, nagromadzenie jaskiń w całych polskich Karpatach fliszowych. W obrębie osuwiska południowego największe są: "Jaskinia Kacza" i "Jaskinia Św. Jana", położone na wys. 410-420 m n.p.m. Łączna długość korytarzy każdej z nich wynosi ok. 50 m. Najdłuższe jaskinie to: "Gangusiowa Jama" (190 m. dł. łącznej dł. korytarzy, głębokość 11 m) i "Lipowicka Szczelina (dł. korytarzy 105 m., głębokość 10 m).
W zachodniej części Beskidu Niskiego, na zboczach Ostrego Wierchu znajduje się "Zbójecka Piwnica".